Theo Đài Á Châu Tự Do (RFA), ngày 8 tháng 5 năm 2020, một người giao sách cho nhà xuất bản này cáo buộc bị công an phục kích và áp giải về trụ sở Văn phòng phía Nam của Bộ Công an ở thành phố Hồ Chí Minh để "thẩm vấn và tra tấn." Tuy nhiên, người này đã bỏ trốn ngay trong đêm khi liều lĩnh xông ra khỏi cổng văn phòng và tẩu thoát bằng xe máy.[3]

Trong một tuyên bố của Cao ủy Nhân quyền Liên Hợp Quốc do bà Michelle Bachelet đưa ra vào tháng 5 năm 2020 đã bày tỏ lo ngại rằng tình trạng khẩn cấp do đại dịch coronavirus mới đang được nhiều chính phủ tự do cũng như độc tài ở châu Á–Thái Bình Dương sử dụng. Tuyên bố này chỉ đích danh 12 quốc gia, trong đó có Việt Nam, đã "bóp nghẹt những cuộc tranh luận công khai dưới danh nghĩa chống lại tin tức giả" như một cái cớ để hạn chế quyền tự do ngôn luận và quyền công dân. Tuyên bố này được đưa ra trong bối cảnh Nhà xuất bản Tự Do vừa nhận giải thưởng Prix Voltaire.[19][20]

Ngày 24 tháng 6 năm 2020, Công an tỉnh Hòa Bình bắt giữ hai đối tượng với tội danh "Làm, tàng trữ, phát tán và tuyên truyền thông tin, tài liệu vật phẩm nhằm chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam" theo Điều 117, Bộ luật hình sự năm 2015. Trong quá trình khám xét nơi ở của hai người này, Công an tỉnh Hòa Bình đã phát hiện nhiều sách của tác giả Phạm Đoan Trang, bao gồm nhiều xuất bản phẩm vốn do Nhà xuất bản Tự Do ấn hành.[21]